É uma unidade médica de construção recente, inaugurada oficialmente em 29 de Novembro de 1989, localizada no topo da montanha de S. Januário, num terreno de formato rectangular, no sentido NE-SW, sendo circundada por arruamentos de fácil ligação ao centro da cidade.

Os Centros de Saúde são as unidades que prestam cuidados de saúde primários aos utentes e que encaminham para o CHCSJ os doentes com necessidades especiais, com vista a que o seu tratamento seja assegurado.

O Centro de Prevenção e Controlo de Doenças é uma subunidade orgânica dos Serviços de Saúde sob a dependência hierárquica directa do director dos Serviços de Saúde, equiparada a departamento, que desempenha as funções, dos Serviços de Saúde, de promoção e proteção da saúde e de prevenção das doenças, sendo responsável pela coordenação da prevenção e do controlo das doenças a nível comunitário.

O Laboratório de Saúde Pública (abreviadamente designado por LSP) é uma subunidade integrada na área de cuidados de saúde dos Serviços de Saúde, equiparado a departamento.

O Centro de Transfusões de Sangue é uma subunidade dos Serviços de Saúde do Governo da Região Administrativa Especial de Macau, equiparado a departamento, sendo a única Instituição do Território que fornece o sangue e os produtos derivados de sangue aos hospitais.

Divisão de Licenciamento para o Exercício de Actividades de Saúde é uma subunidade integrada na área de cuidados de saúde dos Serviços de Saúde.

A farmácia hospitalar é a única subunidade dos Serviços de Saúde que fornece medicamentos ou produtos farmacêuticos e nos seus destinatários incluem-se todas as subunidades de acção médica do Centro Hospitalar Conde de São Januário.

Gabinete para a Prevenção e o Controlo do Tabagismo e do Alcoolismo está integrado na área de cuidados de saúde comunitários e responsabiliza-se pela fiscalização do cumprimento da legislação relativa à prevenção e controlo do tabagismo.